提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
着眼战略全局 提振发展信心——论贯彻落实中央经济工作会议精神******
经济发展离不开信心的支撑。非常时期,信心比黄金更重要。
“要从战略全局出发,从改善社会心理预期、提振发展信心入手,纲举目张做好工作。”中央经济工作会议把信心放在战略全局的出发点、经济工作的切入点,直面经济领域重大热点问题,如增加收入扩大消费、国企民企平等对待、房地产市场平稳发展、支持平台企业大显身手、营造一流营商环境等作出明确回应和具体部署,体现了强烈的问题意识和鲜明的问题导向,也对提振市场信心、稳定发展预期发挥了“定心丸”作用。
今年以来,需求收缩、供给冲击、预期转弱三重压力持续显现,疫情等超预期突发因素带来严重冲击,中国经济处于艰难时刻。进一步提振发展信心,最重要的就是千方百计改善预期,着力夯实信心根基。通过顶层设计释放积极政策信号,才能在充满不确定性的环境中提供尽可能多的确定性,使广大市场主体更好规划行动路线,以市场活力的强劲复苏、内需潜力的强大释放,为经济回升向好提供最澎湃的动力、最坚实的支撑。这也是“纲举目张”透出的深意所在。
信心,源自经济基本面长期向好的科学判断。历经新时代以来的10年奋斗,我国经济发展达到新高度:2021年经济总量达114.4万亿元,占全球经济的比重上升到18%以上;人均国内生产总值提升到1.25万美元,接近高收入国家门槛;在全球创新指数排名中位列第11,已进入创新型国家行列,一大批重大标志性创新成果引领制造业攀上新高度……对这样体量壮观的经济巨轮,疫情等突发事件的影响都将是阶段性的、短期的、外在的,无论外部如何“千磨万击”,都不会改变既定的目标和航程。
信心,源自稳中求进、全力拼经济的上下一心。为了“把失去的三年抢回来”,近日,多地政府牵头组团、出国“抢单”的消息冲上热搜,激发了全社会复工复产的热情和信心。“政府搭台,企业唱戏”,越是在不确定性和风险挑战较大的时期,越是需要实打实的政策支持,需要地方政府主动作为的服务精神。不少企业的“抢单”成绩,也为整个上下游产业链、供应链注入新的活力。实践证明,以稳应变、以进固稳,上下一心、真抓实干,激发全社会干事创业活力,让干部敢为、地方敢闯、企业敢干、群众敢首创,必将汇聚起最强劲的发展动力,促进经济高质量发展。
历史地看,几十年来,中国经济一次次履险如夷、化危为机,也证明危机之中确实蕴含新的重大机遇。坚定信心、因势利导,就能变压力为动力、化挑战为机遇。这是一条成功的实践经验,也是历史交予我们的重大考验。时势在我!抛却疫情的阴霾,在大有可为的重要战略机遇期里大有作为,我们将继续创造新时代的气象万千!(经济日报评论员)